Hidrografska mreža Fruške gore veoma je gusta i relativno pravilno raspoređena. Površinske vode su predstavljene izvorima, vrelima, gustom rečnom mrežom, barama i veštačkim jezerima. Hidrografija ove planine rezultat je relativno velike količine padavina, geološkog sastava i većeg broja stalnih izvora. Brojnost potoka na glavnom planinskom vencu uticao je na površinsku ograničenost njihovih slivova, što ističe značaj stalnih izvora.
Istočni i zapadni niski ogranci Fruške gore hidrografski se razlikuju od bila. Ove oblasti su vodom siromašne, što je posledica promene u nadmorskoj visini, geološkom sastavu, godišnjoj količini padavina i vegetaciji. Za razliku od glavnog venca koji obiluje vodom, istočni greben je izrazito bezvodan kraj.
Severne padine obiluju dubokim dolinama u gornjim i srednjim tokovima, dok su u donjim tokovima doline proširene i grade uske dolinske ravni. Najduži potoci i reke nalaze se na severnoj padini Fruške gore, jer se sa venca izdužene planinske kose ponegde spuštaju sve do obale Dunava. Na južnim padinana samo izvorišni delovi potoka pripadaju oblasti Fruške gore, i imaju duboke i izrazite doline bez dolinskih ravni; potočne doline se preko lesnih zaravni proširuju i polako gube svoj karakter. Potoci južne padine znatno su kraći u odnosu na potoke severne padine, pošto relativnu visinu bila Fruške gore smanjuje sremska lesna zaravan. Većina ovih potoka (i severne i južne padine) vrši intenzivnu dubinsku eroziju terena.
Što se vodnog režima tiče, fruškogorski potoci nose najveće količine vode u rano proleće i u kasnu jesen. Najveći broj potoka presušuje sredinom leta i ostaje takav do sredine jeseni. Drugi period je (kada je količina vode mala, ali potoci ne presušuju) krajem zime. Ova kolebanja vodostaja u potocima ne podudaraju se sa godišnjom raspodelom padavina.
Područje Fruške gore nalazi se na granici prostiranja umerenokontinentalne klime, a zbog promena klimatskih karakteristika duž visinskog gradijenta i uticaja šumskog pokrivača ovde klima ima supkontinentalne karakteristike. Međutim, Fruška gora svojim položajem, oblikom i vegetacijom utiče na stvaranje specifične lokalne klime, koja se donekle razlikuje od klime okolnih područja.
Interesantno je pomenuti da, iako je Fruška gora niska planina, porastom visine klima postaje sve vlažnija i hladnija, tako da na grebenima ima odlike planinske klime sa hladnijom zimom i svežijim letom.
Kod prosečnih vrednosti za oblast Fruške gore može se videti da je najniža srednja vrednost temperature vazduha u januaru, i iznosi – 0,6° C, a najviša je u julu sa 21,4° C. Vrednost srednje godišnje temperature je 11,2° C. Inače, ove vrednosti se razlikuju u zavisnosti od lokaliteta, tako da je srednja godišnja temperatura na Iriškom vencu najniža i iznosi 10,2° C, a takođe ovde su izmerene i najniže temperature vazduha u svim mesecima.
Fruška gora spada u oblasti gde je stepen relativne vlažnosti vazduha uglavnom osrednji (76%).
Prema vrednostima za srednju mesečnu visinu padavina, vidi se da su u ovoj oblasti najvlažniji meseci maj i juni, a najsuvlji septembar i oktobar; drugi maksimum padavina se javlja u decembru.
Što se tiče prostornog rasporeda godišnjih suma padavina utvrđeno je da visina padavina pravilno raste porastom nadmorske visine, a razlika u godišnjoj količini padavina između vršnih delova i onih u podnožju iznosi 200 mm (Iriški venac 782 mm, a Sremski Karlovci 586 mm).
Visina padavina po godišnjim dobima za celu oblast je sledeća: zima – 158 mm; proleće – 167 mm; leto – 189 mm; jesen – 134 mm; srednja visina padavina u vegetacionom periodu iznosi 351 mm. Inače, treba napomenuti da je područje Fruške gore najbogatije padavinama u Vojvodini.
Utvrđeno je da sa severne strane Fruške gore preovladavaju zapadni vetrovi koji imaju dosta veliku čestinu preko cele godine, a zatim slede vetrovi iz pravca zapad-jugozapad. Veoma su česti i vetrovi iz pravca jugoistok, i javljaju se češće u jesen, proleće i zimu, a ređe tokom leta. Vetrovi iz pravaca jug-jugoistok i jug-jugozapad ovde su veoma retki.